Welkom op de website van de AGORA data- en biobank

In 2019 heeft deCODE Genetics in Reykjavik, IJsland, interesse getoond in een samenwerking met de AGORA data- en biobank. deCODE is wereldleider in het analyseren en begrijpen van het erfelijke materiaal (DNA). Het Radboudumc werkt al sinds 2005 nauw samen met deCODE voor onderzoek bij volwassenen en heeft hier goede ervaringen mee. DeCODE was bereid het erfelijk materiaal dat in AGORA verzameld is te analyseren met de nieuwste techniek, het zogenaamde ‘sequencen’. Dat betekent dat de precieze volgorde van de bouwstenen in het DNA (nucleotiden, weergegeven als A, C, T en G) bepaald wordt, zodat we allerlei veranderingen in het erfelijk materiaal kunnen opsporen. Dit biedt de kans om veel nieuw onderzoek te doen, dat nieuwe inzichten kan geven over aandoeningen bij kinderen.

In de zomer van 2020 hebben we een deel van de AGORA deelnemers hiervoor aangeschreven. We hebben hen gevraagd of we het erfelijk materiaal dat we van deze deelnemers en ouders hebben mogen gebruiken voor het ‘sequencen’. Meer dan 1000 deelnemers hebben hier toestemming voor gegeven en het erfelijk materiaal van deze deelnemers en hun ouders is dus meegenomen in het onderzoek.

 

Doel van het onderzoek

Het belangrijkste doel van het ‘sequencen’ is om zeldzame veranderingen (mutaties) in het erfelijk materiaal op te sporen, die het risico op een aangeboren aandoening sterk verhogen. Maar in de toekomst kan er bijvoorbeeld ook gekeken worden of er erfelijke veranderingen zijn waarmee we makkelijker of beter een diagnose kunnen stellen. Of misschien zijn er wel veranderingen die de prognose (het verloop van een aandoening) kunnen voorspellen. Het gaat hier dus niet om één bepaald onderzoek, maar om meerdere toekomstige onderzoeken waarin we de gegevens van het ‘sequencen’ kunnen gebruiken. En de resultaten van alle AGORA deelnemers samen kunnen ook gebruikt worden om ontbrekende gegevens in andere onderzoeken (gedaan met oudere technieken) aan te vullen.

 

Lopende onderzoeken met data gegenereerd door deCODE Genetics

Aangeboren aandoeningen aan de nieren en urinewegen, onderdeel van de ArtDECO Study

Ongeveer 350 patiënten die mee hebben gedaan aan het ‘seqeuncen’ door deCODE hadden een aangeboren aandoening aan de nieren of urinewegen. Deze informatie wordt meegenomen door Iris Lekkerkerker en Lisanne Vendrig bij hun onderzoek in de ArtDECO Study, wat hier beschreven wordt.

Aangeboren vernauwingen aan de urinewegen, samenwerking met Melanie Chan van het Genomics England Project.

Melanie Chan, betrokken bij het Genomics England Project in het Verenigd koninkrijk had in een eerder onderzoek 2 genen gevonden die een rol leken te spelen bij aangeboren vernauwingen aan de urinewegen. Ze heeft de ‘sequencing’ data van deCODE gebruikt om te zien of ze dit ook terug kon vinden in de patiënten uit AGORA die geïncludeerd waren, maar dat was niet het geval. Dit resultaat zal verwerkt worden in een wetenschappelijk artikel.

Urethrakleppen, samenwerking met Melanie Chan van het Genomics England Project

Urethrakleppen zijn een soort vliesjes in de plasbuis van jongens die de uitstroom van de urine belemmeren. Deze aangeboren aandoening komt bij ongeveer 1 op de 4000 jongens voor, maar de oorzaken zijn onbekend. Al tijdens de ontwikkeling van deze kinderen stroomt de urine terug naar de nieren. Dit veroorzaakt druk op de nieren, die nierschade kan veroorzaken. Melanie Chan, onze samenwerkingspartner van het Genomics England Project doet onderzoek naar variaties in het erfelijke materiaal die de kans op urethrakleppen verhogen. Melanie heeft ervaring met het gebruik van ‘sequencing’ data in dit soort studies. Daarom zal zij de ‘sequencing’ data van de 80 AGORA deelnemers met urethrakleppen gegenereerd door deCODE Genetics meenemen in haar onderzoek. In samenwerking met Lisanne Vendrig gaat zij het voorkomen van variaties vergelijken tussen patiënten met urethrakleppen en personen zonder deze aandoening (controles). Als controles worden in dit onderzoek de vaders van kinderen met een gespleten lip (schisis) gebruikt, waarvoor ook ‘sequencing’ informatie beschikbaar is.

Melanie gaat niet alleen naar deze variaties in het erfelijke materiaal kijken, maar ook naar zogenaamde ‘structurele’ variaties. Dit zijn variaties waarbij bijvoorbeeld een heel stuk van het erfelijke materiaal ontbreekt of omgedraaid is, of waarbij een heel stuk juist twee keer voorkomt.

VACTERL, samenwerking met Paul Lasko

De VACTERL associatie is een combinatie van aangeboren aandoeningen die vaker gezamenlijk voorkomen, namelijk Vertebrale (skelet) aandoeningen, Anorectale malformaties, Cardiale (hart) aandoeningen, Tracheo (luchtpijp) Esophagus (slokdarm) aandoeningen, Renale (nier) aandoeningen en Limb (ledematen) aandoeningen. Het komt bij ongeveer 1 op de 20.000 pasgeborenen voor. VACTERL patiënten ondergaan vaak meerdere operaties om de normale orgaanfuncties te herstellen. Over de oorzaken is nog weinig bekend. Dit heeft te maken met de zeldzaamheid van de aandoening, de diversiteit aan combinaties van aangeboren aandoeningen en omdat er gedacht wordt dat er niet één maar meerdere factoren samen verantwoordelijk zijn voor het ontstaan van de VACTERL associatie.  Negen patiënten die mee hebben gedaan aan het ‘sequencen’ door deCODE hadden de VACTERL associatie. Onze samenwerkingspartner Paul Lasko is deze resultaten aan het analyseren om te zien of hij de oorzaak van de VACTERL associatie bij deze patiënten kan achterhalen.